煤炭占我國一次能源消費總量的68%，煤炭行業(yè)的健康發(fā)展，不僅關(guān)乎煤炭企業(yè)利益，更關(guān)乎國家能源安全以及與煤炭相關(guān)的化工、冶金、建材等行業(yè)的健康發(fā)展。但煤炭行業(yè)正面臨以下困擾：
        首先是承受五花八門的收費。目前，煤炭企業(yè)上繳的費用包括港口建設(shè)費、炸藥安保費、車皮點裝費、民兵訓(xùn)練費等88項，收費總額已經(jīng)占到煤炭企業(yè)凈利潤的40%以上，企業(yè)疲于應(yīng)付，苦不堪言。
        其次是稅賦繁重。2011年，全國煤炭開采洗選業(yè)增值稅實際稅率為7.5%，是全國規(guī)模以上工業(yè)企業(yè)增值稅實際稅率的2.4倍。
        最后是以費代稅現(xiàn)象普遍。作為一種不可再生且是全國人民共同擁有的資源，國家征收煤炭資源稅無可厚非。但在我國現(xiàn)行的煤炭資源稅費制度安排上，卻主要采取了資源費的形式征繳，且“費”的比例明顯大于稅的比例。
        以上現(xiàn)象在煤炭行業(yè)已經(jīng)長期存在，將繼續(xù)帶來不良后果：
        一會動搖產(chǎn)業(yè)基礎(chǔ)。2012年，我國重點煤炭企業(yè)虧損家數(shù)超過20%，產(chǎn)業(yè)景氣指數(shù)下跌5.18%，并創(chuàng)下金融危機以來新低。這其中，價格下行固然是主因，但名目繁多的收費和過重的稅賦無疑加劇了行業(yè)下行壓力。在煤炭市場終結(jié)“十年黃金”期后，今后若繼續(xù)加征繁多的稅費，很可能導(dǎo)致煤炭行業(yè)全行業(yè)虧損，影響行業(yè)健康發(fā)展和國家能源安全。 
        二會弱化國家宏觀調(diào)控能力。以費代稅現(xiàn)象明顯弱化了稅收功能，使好不容易形成的政企分開，異化為以收費為媒介的政企合一；使已經(jīng)建立起來的權(quán)益型收入分配機制，異化為權(quán)益加權(quán)力型收入分配機制，也減少了國家稅收收入，弱化了政府宏觀調(diào)控能力。
        三會加重全社會負擔(dān)。過重的稅費負擔(dān)，不僅抬高了煤炭企業(yè)生產(chǎn)成本和煤炭價格，也加重了煤炭下游化工、電力、鋼鐵、冶金、建材等行業(yè)的生產(chǎn)成本。
        四易滋生腐敗。過濫的行政性收費，為設(shè)立“小金庫”、貪污腐敗提供了方便。
        因此，從無論是從促進煤炭行業(yè)健康發(fā)展，減輕化工、建材、電力等行業(yè)成本壓力，還是從保障國家能源安全考慮，都必須盡快“清費正稅”。
        首先要加強對解決煤炭稅費問題的領(lǐng)導(dǎo)，由黨中央、國務(wù)院統(tǒng)一部署，建立由各級主要領(lǐng)導(dǎo)直接負責(zé)，發(fā)改委、財稅、紀檢、司法、能源等部門領(lǐng)導(dǎo)為成員的推動煤炭稅費制度改革部際領(lǐng)導(dǎo)小組，形成強有力的領(lǐng)導(dǎo)與執(zhí)行機構(gòu)，破除已形成的煤炭收費網(wǎng)，加快建立健全科學(xué)合理的煤炭稅費制度。
        其次要明確原則目標。遵循有利于煤炭產(chǎn)業(yè)發(fā)展、有利于現(xiàn)代能源產(chǎn)業(yè)體系建立、有利于節(jié)約資源和保護環(huán)境、有利于創(chuàng)造公平競爭環(huán)境、有利于規(guī)范政府行為、有利于增加財政收入和綜合國力的原則，對現(xiàn)行稅費項目徹底清理整頓。
        最后要做到“清費”與“正稅”并舉。一方面，要全面清理各級政府越權(quán)擅自設(shè)立的基金和收費項目，凡可通過立稅收取的要全部立稅收取，凡已有財政撥款的行政管理類收費一律取消；凡政府越位收取的諸如煤炭價格調(diào)節(jié)基金、煤礦轉(zhuǎn)產(chǎn)發(fā)展基金等微觀經(jīng)濟范疇的收費，一律停止征收。